常用生物数据分析软件

副标题：无

作者：王俊，丛丽娟，郑洪坤著

分类号：

ISBN：9787030206220

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简介
光盘

简介

　　本书较为系统全面地介绍了生物信息学分析各个方面的软件用法，结　　合光盘具体实例，方便使用。全书共分8章，内容包括：Unix/Linux操作系　　统介绍，介绍了基本的Unix/Linux操作命令；数据的基本处理，介绍了如　　何处理常用的生物信息学数据；序列的比对，介绍了常用比对软件的用法　　及其在应用过程中要注意的问题；基因组/基因的注释，介绍了Coding和　　Non-Codoing基因的预测方法；SNP分析，介绍了常用的从生物学数据中寻　　找SNP的软件；进化分析专题，介绍了几种分子进化分析软件，内容涉及进　　化树的构建、Ka/Ks的计算等；基因表达分析专题，介绍了EST及生物芯片　　分析的流程和方法；蛋白质结构预测，介绍了蛋白质三维结构预测的流程　　及方法。　　本书适合于生物信息学专业本科生及研究生使用。　　

　　序
　　前言
　　第1章 Unix/Linux操作系统介绍
　　 1.1 远程登录
　　 1.2 文件的复制、删除和移动命令
　　 1.3 目录的创建、删除及更改目录命令
　　 1.4 文本查看命令
　　 1.5 文本处理命令
　　 1.6 改变文件或目录的权限命令
　　 1.7 备份与压缩命令
　　 1.8 磁盘及系统管理
　　 1.9 软件安装简介
　　 1.10 其他
　　第2章数据的基本处理
　　 2.1 数据常用格式介绍
　　 2.2 测序原理介绍
　　 2.3 華图转化(Phred)
　　 2.4 文件转换(phd2fasta)
　　 2.5 载体屏蔽(cross_match)
　　 2.6 序列聚类拼接
　　 2.7 Consed
　　 2.8 引物设计(Primer3)
　　主要参考文献
　　第3章序列的比对
　　 3.1 全局比对
　　 3.2 局部比对
　　主要参考文献
　　第4章基因组/基因的注释
　　 4.1 重复序列分析
　　 4.2 RNA分析
　　 4.3 基因预测
　　 4.4 基因功能注释
　　主要参考文献
　　第5章 SNP分析
　　 5.1 Polyphred
　　 5.2 SNPdetector
　　 5.3 cross_match
　　主要参考文献
　　第6章进化分析专题
　　 6.1 Phylip
　　 6.2 Paml
　　 6.3 KaKs_Calculator
　　 6.4 FGF
　　 6.5 MEGA
　　主要参考文献
　　第7章基因表达分析专题
　　 7.1 EST表达序列标签分析
　　 7.2 生物芯片分析
　　 7.3 Motif预测
　　主要参考文献
　　第8章蛋白质结构预测
　　 8.1 蛋白质结构知识介绍
　　 8.2 蛋白质结构预测方法
　　 8.3 蛋白质结构预测的Threading方法
　　 8.4 蛋白质三维结构预测流程介绍
　　主要参考文献
　　

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