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简介
计算机辅助药物设计，通常也称作基于结构的药物设计，包括虚拟药物前体筛选、从头设计等等的合理设计路线，就是利用已知配体－受体作用的生物化学信息和对其的物理化学认识，在计算机辅助下研究和优化新配体（既假定中候选药物分子）。 例如，如果我们知道药物与目标分子结合部位的空间互补可以提高药物与受体的相互作用（亲和力），那么在药物设计中可以着重于研究如何提高范氏力的作用项；同理，如果电荷作用是主要的，那么就要注意药物分子中的极性官能团。分子计算机模拟在药物设计中起非常重要和关键的作用；高速和有效的分子模拟可以显著地加速新药开发。基于统计力学的分子模拟算法是实际地连接经典或量子分子模型与生物化学实验观察测量值的桥梁之一。统计热力学是根据势能面函数研究复杂体系行为的各种算法物理基础，是一种从简单（电子、原子）到复杂（生物体系）的方法，相反于系统生物信息学中的归纳总结方法。例如，用于研究生物分子（凝聚态）相变、预测候选分子与目标生物分子亲和力（结合自由能和溶剂化能）、筛选药物前体的ADME特性、分析药物小分子的构象空间与其性质、从头设计DNA剪切分子等。
目录
第1章 分子模拟的数学基础
1.1 级数
1.2 积分的概念和方法
第2章 分子模拟的生物信息学基础
2.1 序列比对
2.2 序列分析
2.3 蛋白质结构预测
2.4 基因芯片技术
2.5 各种数据库和网络资源
参考文献
第3章 分子模拟的物理和化学基础
3.1 量子化学计算的基本原理
3.2 密度泛函理论(DensityFunctionalTheory，DFT)
3.3 原子间与分子间作用力
3.4 分子力场
3.5 几种常见的分子力场
3.6 溶剂介电质模型
3.7 多体问题和有效成对势能
参考文献
第4章 分子模拟基本算法
4.1 统计力学基础
4.2 MonteCarlo模拟
4.3 分子模拟
4.4 从头算分子动力学(A6.[nitioMolectllarI)ynamics，AIMI))简介
4.5 QM/MM简介
4.6 能量优化算法与过渡态求解
参考文献
第5章 蛋白质结构模拟
5.1 蛋白质结构的预测
5.2 反相折叠方法
5.3 从头折叠法
5.4 常用的网站
5.5 常用软件
参考文献
第6章 药物设计的基本方法
6.1 早期的探索
6.2 二维定量构效关系
6.3 三维定量构效关系
6.4 更高维定量构效关系
6.5 数据统计分析方法
第7章 药物设计的信息系统
7.1 化学信息系统
7.2 组合化学信息管理系统
7.3 生物信息数据库和软件
7.4 数据库搜索技术
参考文献
第8章 计算机辅助药物设计应用实例
8.1 抗SARS的药物设计
8.2 HIV蛋白酶抑制剂的筛选
8.3 流感病毒神经氨酸酶抑制剂的研究
8.4 定量构效关系与嗯唑烷酮抗菌药物的设计
8.5 抗老年痴呆症的药物筛选
参考文献
编著还有：顾若需、连鹏、张涛、王莹
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