基因组学概论

译者序
第二版前言
*版前言
第二版概述
第二版新内容
第1章 基因组学概论
1．1 人类基因组
1．2 人类基因组的内容
1．3 编码蛋白质组的基因
1．4 基因组结构种类
1．4．1 染色体、细胞器和质粒
1．4．2 基因
1．4．3 基因组的动态组成
1．5 基因组测序计划
1．6 种群内和种群间的差异
1．7 人类基因组测序
1．8 人类基因组和医学
1．8．1 疾病的预防
1．8．2 检测和精确诊断
1．8．3 有效治疗手段的发现和实施
1．8．4 卫生保健服务
1．9 数据库的进化和发展
1．9．1 数据库的进化和发展（evo-deVo）
1．9．2 基因组浏览器
1．10 蛋白质进化：物种内和物种间序列及结构的分歧
1．11 伦理、法律和社会问题
1．12 推荐阅读
1．13 练习、问题和网络问题

第2章 基因组是生物学的集线器（Hub）
2．1 个体、群体、生物圈：过去、现在和未来
2．2 中心法则和周边规则
2．3 表达模式
2．3．1 基因表达的调控
2．3．2 蛋白质组学
2．3．3 基因组学和发育生物学
2．3．4 基因和思维：神经基因组学
2．4 群体
2．4．1 单核苷酸多态性和单体型
2．4．2 临床上重要的单体型：主要组织相容性复合物
2．4．3 突变和疾病
2．5 遗传性疾病的诱因及其治疗的病例
2．5．1 血红蛋白病是由异常血红蛋白引发的分子疾病
2．5．2 苯丙酮尿症
2．5．3 阿尔茨海默病
2．5．4 SNP和癌症
2．6 物种
2．7 生物圈
2．7．1 物种灭绝
2．7．2 袋狼的灭绝
2．7．3 麋鹿的幸存
2．8 推荐阅读
2．9 练习、问题和网络问题

第3章 图谱、测序、注释和数据库
3．1 经典遗传学背景
3．2 图谱和旅行指南
3．2．1 遗传图谱
3．2．2 连锁
3．2．3 连锁不平衡
3．2．4 染色体带型图
3．2．5 直接基于DNA序列的高分辨率图谱
3．2．6 限制性酶切图谱
3．3 DNA结构的发现
3．4 DNA测序
3．4．1 FrederickSanger和DNA测序的发展
3．4．2 Maxam-Gilbert化学裂解法
3．4．3 DNA自动化测序
3．5 组织大规模测序计划
3．5．1 产生克隆：分层或“BACtoBAC”基因组测序
3．5．2 全基因组鸟枪法测序
3．5．3 高通量测序
3．5．4 生命科学技术的快速发展（lifeinthefastlane）
3．6 分子生物学数据库
3．6．1 核酸序列数据库
3．6．2 蛋白质序列数据库
3．6．3 遗传性疾病数据库：OMIM和OMIA
3．6．4 结构数据库
3．6．5 蛋白质结构的分类
3．6．6 专业或精品（boutique）数据库
3．6．7 表达和蛋白质组学数据库
3．6．8 代谢路径数据库
3．6．9 文献数据库
3．6．10 分子生物学数据库和服务器概观
3．7 推荐阅读
3．8 练习、问题、网络问题

第4章 比较基因组学
4．1 引言
4．2 生命的一致性和多样性
4．3 基因组的大小和结构
4．4 病毒基因组
4．4．1 重组病毒
4．4．2 流感：过去和当前的威胁
4．5 原核生物的基因组结构
4．5．1 复制和转录
4．5．2 基因转移
4．6 真核生物基因组结构
4．7 如何区别基因组
4．7．1 单核苷酸水平的多样性
4．7．2 复制
4．7．3 染色体水平上的比较：共线性
4．8 是什么让我们成为人类？
4．8．1 比较基因组学
4．8．2 结合的方法：OXP2基因
4．9 黑猩猩和人类基因组
4．10 小鼠和大鼠基因组
4．11 研究人类疾病的模式生物
4．11．1 秀丽隐杆线虫基因组
4．11．2 黑腹果蝇基因组
4．11．3 人类、线虫和果蝇的同源基因
4．12 DNA元件百科全书计划
4．13 推荐阅读
4．14 练习、问题和网络问题

第5章 进化和基因组变化
5．1 进化是探索
5．2 生物系统学
5．2．1 生物学命名
5．2．2 生物学相似性和差异性的测定
5．3 同源性和家族
5．4 模式匹配——生物信息学的基本工具
5．4．1 序列比对
5．4．2 *比对的定义
5．4．3 快速扫描数据库的近似方法
5．4．4 三维结构的匹配模式
5．5 蛋白质序列、结构及功能的进化
5．5．1 单个点突变的影响
5．5．2 蛋白质结构和功能的进化
5．6 系统发育
5．6．1 系统进化树
5．6．2 聚类法
5．6．3 分支法
5．6．4 进化率变化的问题
5．6．5 贝叶斯法
5．7 快速进化：遗传工程
5．8 推荐阅读
5．9 练习、问题及网络问题

第6章 原核生物基因组
6．1 原核生物进化与系统发育的关系
6．1．1 原核生物的主要类型
6．1．2 是否了解生命系统发生树的根源？
6．2 古细菌
6．2．1 甲烷球菌基因组
6．2．2 *温度下的生命
6．2．3 超嗜热古菌比较基因组学：热球菌和火球菌
6．3 细菌
6．3．1 致病菌基因组
6．3．2 基因组学和疫苗的研发
6．4 宏基因组学：同一个环境样品中收集的全部基因组
6．5 推荐阅读
6．6 练习、问题和网络问题
……
第7章 真核生物基因组
第8章 基因组学和人类生物学
第9章 芯片和转录组学
第10章 蛋白质组学
第11章 系统生物学
索引
后记