蛋白质与蛋白质组的结构分析

《信息动力学与生物信息学—蛋白质与蛋白质组的结构分析》

《数学与现代科学技术丛书》序

前言

第1章概论

1.1常用符号

1.2主要内容与结果

1.3其他问题的说明

第一部分基本原理与方法

第2章id与生物信息学

2.1id概述

2.2生物信息学简介

2.3对光盘的说明

第3章id的基本原理与方法

3.1id的研究对象与数据库的类型与要素

3.2信息统计分析法

3.3组合分析法与图论的概述

3.4数据库的核心词与核心词词库

第4章语义分析概论

4.1词与词法分析要点

4.2词与句的结构关系与同源蛋白质组的类型分析

.4.3句或蛋白质的信息动力函数（sidf或pidf）

第5章英语文库词法与句法结构的id分析

5.1英语文库数据结构概述

5.2英语ω0文库词库搜索与分析

5.3英语文库ω1结构的信息统计分析法

5.4数据库ω1结构的组合分析法

5.5英语数据库ω1的m-pidf分析

第二部分蛋白质一级结构研究中的id方法

第6章蛋白质一级结构数据库的信息统计与组合分析

6.1蛋白质数据库结构分析概论

6.2 sp’06数据库的信息统计分析

6.3 sp’06数据库的组合分析

第7章蛋白质一级结构语义分析

7.1sp’06数据库词库的词法分析

7.2sp’06数据库中词与句的关系分析

7.3同源蛋白质组的网络结构分析

7.4一些具有特殊结构的蛋白质

第8章蛋白质的idf与pidf分析

8.1关于pidf的计算与分析

8.2关于k(t)与k’(t)阵列的分析

8.3数据阵列ks的运动分析

8.4蛋白质m-pidf的频谱分析

8.5 m-pidf的其他分析问题

第三部分蛋白质的三维结构分析

第9章四原子与多原子点的空间几何

9.1四原子点的空间几何结构

9.2四原子点一些特殊结构的计算

9.3多原子点结构分析的几何理论

第10章氨基酸的一般性质及其分子宫能团

10.1氨基酸概论

10.2氨基酸的分子结构特征

第11章一般空间质点研究中的几个理论问题

11.1图论的补充知识

11.2空间结构的稳定性分析

11.3活动坐标系理论

第12章氨基酸的空间结构分析

12.1氨基酸中部分原子的结构分析

12.2氨基酸侧链中非氢原子的空间结构

12.3氨基酸中分子宫能团的运动

12.4氢原子在氨基酸中的运动变化

第13章蛋白质主链的三角形拼接带

13.1概论

13.2小三角形拼接带的结构分析

13.3三角形拼接带的其他性质

第14章主链的中位点曲线分析

14.1中位点曲线的定义与性质

14.2关于中位点曲线的计算与分析

14.3中位点曲线的平面展开

第15章部分原子的空间结构分析

15.1二肽链中部分原子的空间结构

15.2二肽链的中位点曲线计算

15.3三肽链的中位点曲线的计算分析

15.4四肽链的部分分子官能团分析

第16章蛋白质三维结构动力学问题

16.1有关动力学中的一些概念与问题

16.2蛋白质三维结构的运动方程

16.3自由能与收敛性

第17章三维结构中其他动力学问题的分析

17.1氢键与二硫键的分析

17.2 b原子点结构的讨论

17.3氨基酸侧链非氢原子的梢点

17.4以中位点曲线为基础的计算结果与分析

17.5蛋白质三维结构中的其他id指标

第四部分蛋白质的空间形态

第18章蛋白质空间结构的相似性分析

18.1蛋白质结构的相似性问题

18.2蛋白质空间形态的比对

18.3计算结果与分析

18.4其他实例计算

第19章空间质点系的深度理论

19.1空间质点系的深度分析

19.2深度的一些基本性质

19.3深度的统计分析

19.4空间质点系的层次函数

第20章超图与晶格

20.1超图的定义与性质

20.2晶格理论

第21章蛋白质空间形态的特征分析

21.1蛋白质的空间形态概论

21.2由空球产生的网络结构

21.3半径计算中的几个几何问题

21.4有关定理的证明与计算公式的推导

第22章蛋白质空间结构的凹槽的计算

22.1空间质点系的圆柱形凹槽与棺形凹槽的结构分析

22.2不规则凹槽的计算

22.3蛋白质三维结构与空间形态的综合研究

附录a原子、分子与分子生物官能团

a.1原子与分子

a.2生物分子官能团概述

a.3分子官能团的相互作用

a.4水分子的动力学性质

a.5蛋白质与肽链

附录b光盘文件目录表及其说明

b.1光盘中的数据文件

b.2对光盘阅读的注意事项

索引