Mathematical description of the biological macromolecules and its applications

　　第0章 绪论／1
　　 0.1 生物信息学产生的背景／1
　　 0.2 生物信息学的研究对象／4
　　 0.2.1 核酸／5
　　 0.2.2 蛋白质／7
　　 0.2.3 中心法则和遗传密码／8
　　 0.3 生物信息学的主要研究内容／11
　　 0.3.1 序列比较／11
　　 0.3.2 计算机辅助基因识别／14
　　 0.3.3 系统发育分析／17
　　 0.3.4 RNA和蛋白质的结构研究／18
　　 0.4 本书的主要内容／19
　　 参考文献／21
　　第1章 生物大分子的图形表示／33
　　 1.1 引言／33
　　 1.1.1 DNA序列的图形表示／34
　　 1.1.2 RNA二级结构的图形表示／40
　　 1.1.3 蛋白质序列的图形表示／42
　　 1.2 DNA序列的3－D图形表示／45
　　 1.3 DNA序列的2－D图形表 ／49
　　 1.3.1 特征序列／49
　　 1.3.2 基于特征序列的“双水平线”图／51
　　 1.3.3 基于特征序列的“梯状”图／53
　　 1.4 有向图表示／57
　　 参考文献／58
　　第2章 生物序列的数值刻画／65
　　 2.1 引言／65
　　 2.2 伪迹／68
　　 2.3 ALE－指标／75
　　 2.3.1 ALE－指标／75
　　 2.3.2 性质／77
　　 2.3.3 应用／81
　　 2.4 上三角矩阵表示／87
　　 2.4.1 序列不变量的相容性／87
　　 2.4.2 有向图及上三角矩阵的应用／89
　　 2.5 正规化相对熵／93
　　 2.5.1 定义／94
　　 2.5.2 应用／96
　　 参考文献／100
　　第3章 序列与结构的粗粒化描述／105
　　 3.1 DNA序列的逻辑表示／106
　　 3.1.1 逻辑表示同其他表示的比较／108
　　 3.1.2 逻辑序列的S／S矩阵及其压缩矩阵／111
　　 3.2 蛋白质序列的逻辑表示／115
　　 3.2.1 蛋白质序列的逻辑表 ／116
　　 3.2.2 应用／119
　　 3.3 基于5字母模型的蛋白质序列的图形表示及应用／122
　　 3.3.1 氨基酸的5－字母模型／123
　　 3.3.2 蛋白质序列的2－D图形表 ／124
　　 3.3.3 蛋白质序列的数值刻画／125
　　 3.3.4 冠状病毒的系统发育分析／128
　　 3.4 LZ复杂度及应用／131
　　 3.4.1 有限序列的LZ复杂度／131
　　 3.4.2 基于LZ复杂度的RNA二级结构相似性分析／134
　　 3.4.3 广义LZ复杂度及应用／137
　　 参考文献／143
　　第4章 蛋白质编码基因识别／151
　　 4.1 引言／151
　　 4.2 DNA序列基于正规化相对熵的数值刻画／154
　　 4.3 Fisher线性判别法／155
　　 4.4 算法的评估／157
　　 4.4.1 敏感度、特异性和准确度的定义／157
　　 4.4.2 算法的评估／159
　　 4.5 识别酿酒酵母基因组2－6类中的基因／162
　　 参考文献／167
　　结语／172