Metabolic Engineering:Principles and Methodologies

符号说明
第1章代谢工程的实质1
11代谢工程的重要性5
12本书的概要8
参考文献11
第2章细胞代谢综述12
21细胞代谢概述12
22运输过程15
221被动运输15
222促进扩散17
223主动运输19
23供能反应21
231糖酵解21
232发酵途径26
233tca循环和氧化磷酸化28
234回补途径30
235脂类、有机酸和氨基酸的分解代谢32
24生物合成反应33
241氨基酸的生物合成33
242核酸、脂肪酸和其它结构单元的生物合成36
.25聚合反应38
26生长能学41
参考文献44
第3章细胞反应的综合模型48
31细胞反应的化学计量学48
32反应速率52
33动态质量平衡54
34产率系数与线性速率方程59
参考文献66
第4章物质平衡与数据一致性67
41黑箱模型67
42元素平衡方程式68
43热平衡73
44超定系统的分析过失测量误差的识别75
参考文献83
第5章代谢途径的调控85
51酶活性的调控86
511酶动力学概述87
512简单可逆抑制系统90
513不可逆抑制94
514别构酶95
52酶浓度调节98
521转录起始的控制98
522翻译的控制101
53总体调控：在完整细胞水平上的调控102
54代谢网络的调控107
541分支点分类110
542耦合反应与总体流通代谢物的作用112
参考文献114
第6章途径操作实例代谢工程实践116
61产品得率及生产能力的提高116
611乙醇117
612氨基酸121
613溶剂126
62扩大底物范围128
621戊糖代谢生产乙醇的代谢工程128
622纤维素舶胂宋素解聚作用132
623乳糖和乳清利用132
624蔗糖利用134
625降解淀粉的微生物134
63扩展产物范围，增加新产品135
631抗生素135
632聚酮化合物136
633维生素139
634生物聚合物140
635生物色素145
636氢146
637戊糖：木糖醇147
64细胞性能的改进148
641氮代谢的改造148
642提高氧的利用148
643过度代谢的防止149
644底物吸收的改变151
645遗传稳定性的维持152
65异生物的降解152
651多氯联苯（pcbs）153
652苯、甲苯和对二甲苯混合物（btx）154
参考文献156
第7章代谢途径合成166
71代谢途径合成算法167
72算法综述173
73实例研究赖氨酸生物合成176
731草酰乙酸的作用179
732其它替代途径179
733关于最高得率的限制179
74算法的讨论180
参考文献181
第8章代谢通量分析182
81理论184
82超定系统196
83不定系统蚕咝怨婊201
84敏感性分析204
参考文献206
第9章利用同位素标记实验测定代谢通量的方法207
91根据标记富集度分数直接确定通量208
911根据瞬时强度测量确定代谢通量208
912代谢稳态和同位素稳态实验209
92涉及同位素标记代谢物完全列出的应用214
921来自标记丙酮酸的tca循环同位素标记代谢物的分布216
922来自标记乙酸的tca循环同位素标记代谢物的分布221
923实验数据整理222
93碳平衡232
931直接碳平衡232
932原子作图矩阵的应用237
参考文献240
第10章代谢通量分析的应用241
101由谷氨酸细菌生产氨基酸242
1011谷氨酸菌的生物化学与调节242
1012理论得率的计算245
1013c眊lutamicum菌中赖氨酸生物合成网络的代谢通量分析250
1014c眊lutamicum特定缺失突变株的代谢通量分析257
102哺乳动物细胞培养中的代谢通量261
1021胞内通量的确定261
1022通过13c标记研究证实通量估计265
1023通量分析在细胞培养基设计中的应用268
参考文献268
第11章代谢控制分析270
111代谢控制分析的基础271
1111控制系数和加和定理272
1112弹性系数和连接定理274
1113mca理论的一般化276
112通量控制系数的确定277
1121确定通量控制系数的直接法279
1122确定通量控制系数的间接法282
1123瞬态代谢物测量的应用284
1124动力学模型286
113线性途径的mca286
114分支途径的mca291
115大偏差理论299
1151未分支的网络299
1152分支网络304
1153对营养物浓度和外部效应物变化的响应307
1154讨论307
参考文献308
第12章代谢网络的结构分析311
121在单一分支点处通量分布的控制313
122反应分组316
1221组通量控制系数316
1222独立途径的识别317
123实例研究芳香族氨基酸的生物合成途径322
1231s眂erevisiae中芳香族氨基酸生物合成模型322
1232独立途径的确定326
1233连接代谢物的识别和组通量确定328
参考文献338
第13章代谢网络的通量分析339
131组控制系数与单个控制系数之间的关系（自下而上法）339
132由通量测量确定组控制系数（自上而下法）341
1321从三个扰动确定gfccs341
1322从已表征的扰动确定gfccs343
1323gcccs的确定344
1324扰动的可观察性344
133实例研究345
1331组控制系数的解析确定（自下而上法）345
1332gfccs实验确定的模拟(自上而下法)350
134交叉代谢物反应组控制分析的扩展352
1341扰动常数352
1342多分支点上重叠反应组的分析352
1343实例研究354
135通量扩增的优化355
1351优化算法的推导355
1352实例研究357
136一致性检验与实验证实359
1361利用多次扰动发展一致性检验360
1362对预苯酸分支点的应用363
1363测量误差的影响364
参考文献365
第14章细胞过程热力学366
141热力学原理：综述366
142热力学可行性371
1421算法372
1422利用基团贡献法确定δg0′377
143非平衡热力学384
144热动力学在代谢控制分析中的应用396
参考文献400
专业词汇402