Bioinformatics theory and medical practice

绪论
第一节 生物信息学的产生及发展／02
一、生物信息学的产生／02
二、生物信息学的发展历史／03
三、生物信息学在未来生命科学研究中的作用／06
第二节 生物信息学的主要研究内容／07
一、基因组信息学／07
二、转录组信息学／09
三、蛋白质组信息学／11
四、代谢组信息学／12
第三节 当前生物信息学研究的热点／14
一、新一代测序数据的生物信息学分析／14
二、非编码区序列分析与功能识别／15
三、整合信息组学／15
四、转化医学和临床生物信息学／16
五、生物信息学与新药研究／16
第一章序列比对与序列特征分析
第一节 获取DNA、RNA和蛋白质序列／20
一、DNA序列的获取／20
二、RNA序列的获取／28
三、蛋白质序列的获取／29
第二节 双序列比对／32
一、序列比对的相关概念／32
二、双序列比对算法／37
第三节 多序列比对／43
一、多序列比对简介／43
二、多序列比对的方法／44
三、多序列比对常用工具和数据库／48
第四节 核酸序列特征分析／56
一、基因开放读码框的识别／56
二、内含子／外显子剪切位点的识别／58
三、序列模体的查找和可视化工具／58
四、密码子使用模式的分析／59
五、限制性核酸内切酶位点分析／60
六、重复序列的查找／61
第五节 蛋白质序列特征分析／62
一、蛋白质的理化性质分析／62
二、蛋白质的跨膜结构分析／64
三、蛋白质信号肽的预测和识别／67
四、蛋白质的卷曲螺旋预测／67
五、糖基化位点的预测与识别／68
六、磷酸化位点的预测与识别／68
第六节 应用实例／69
一、利用Spidey工具识别mRNA／cDNA的外显子组成／69
二、利用Spidey工具进行可变性剪切的分析／71
第二章基因芯片数据分析
第一节 基因芯片平台简介／76
一、cDNA芯片／76
二、寡核苷酸芯片／77
三、原位合成芯片／77
四、光纤微珠芯片／79
第二节 基因芯片数据的预处理／81
一、基因芯片数据的提取／81
二、数据过滤／81
三、补缺失值／82
四、数据对数化处理／82
五、数据标准化／83
六、应用举例／85
第三节 特征基因挖掘／89
一、特征选择的过程／89
二、特征选择方法的分类／92
三、应用举例／95
第四节 基因芯片数据的聚类分析／98
一、聚类分析中的距离（相似性）尺度函数／98
二、常用的聚类方法／100
三、应用实例／104
第五节 基因芯片数据的分类分析／108
一、k近邻分类法／108
二、决策树／108
三、支持向量机／110
四、分类器的分类效能评价／111
第六节 基因芯片数据库及常用分析软件／113
一、基因表达数据库（gene expression omnibus，GEO）／113
二、基因芯片显著性分析（significance analysis of microarray，SAM）／114
三、Cluster and TreeView／114
四、BRB—ArrayTools／115
五、R语言和Bioconductor／115
六、Matlab：Bioinformatics Toolbox／115
……
第三章 基因注释与功能分类
第四章 蛋白质结构分析
第五章 分子进化分析
第六章新一代测序数据分析
第七章转录调控的信息学分析
第八章生物分子网络与通路
第九章复杂疾病的系统遗传学分析
第十章 miRNA与复杂疾病
第十一章计算表观遗传学
第十二章药物生物信息学
中英文名词对照索引