蛋白质分析与数学： 生物、医学与医药卫生中的定量化研究

第一部分　概　论
第1章　生物信息学与信息动力学　
　1.1　生物信息学与定量化研究
　　1.1.1　定量化的研究目标、内容与途径
　　1.1.2　不同学科的作用与贡献
　　1.1.3　生物信息学概论
　　1.1.4　生物信息学的近期发展与未来动向
　1.2　第二、三代测序技术
　　1.2.1　第一代核酸序列测量技术的发展原理
　　1.2.2　第二代测序技术的原理与特征
　　1.2.3　第二代测序平台
　　1.2.4　第二代测序的应用
　　1.2.5　测序技术的临床应用及展望
　1．3　信息动力学概述
　　1.3.1　ID的目的与意义
　　1.3.2　ID与物理学、生物学的关系
　　1.3.3　对数据库的说明
　1.4　ID的基本原理与方法
　　1.4.1　ID的基本方法之一：信息统计法
　　1.4.2　几种重要类型的IDF
　　1.4.3　由IDF产生的词法分析
　　1.4.4　ID的基本方法之二：组合分析法
　　1.4.5　点线图的基本知识
　1.5　语义分析概要
　　1.5.1　词与词法分析要点
　　1.5.2　词与句的关系数据库.
　　1.5.3　由关系数据库做有关语法问题的讨论
　　1.5.4　词与句的网络结构
　　1.5.5　PIDF的因子分解理论
　　1.5.6　PIDF的运动分析与其他类型的分析
第2章　蛋白质一级结构数据库的ID的计算与分析
　2.1　蛋白质一级结构数据库的ID计算
　　2.1.1　蛋白质结构分析概论
　　2.1.2　SP06数据库的一般性质
　　2.1.3　ID的计算结果与初步分析
　2.2　词法与句法分析
　　2.2.1　词法分析
　　2.2.2　词库p的极小化与极大化网络结构
　　2.2.3　词与句的关系数据库
　2.3　相似蛋白质组的网络结构分析
　　2.3.1　对相似蛋白质组的搜索计算
　　2.3.2　相似蛋白质组的布尔网络结构
　　2.3.3　利用相似蛋白质组做人造蛋白质的构造设计
　　2.3.4　一些重要的小肽、寡肽与小蛋白
　2.4　蛋白质的IDF与PIDF分析
　　2.41　计算结果与初步分析
　　2.4.2　计算结果的初步统计分析
　　2.4.3　协方差矩阵与相关矩阵的计算结果
第3章　分子生物的参数控制系统与IDF的控制问题
　3.1　分子生物的参数控制系统
　　3.1.1　一些基本概念
　　3.1.2　对因子分解理论的补充说明
　　3.1.3　生物参数控制系统的数学模型
　　3.1.4　子运动的动力学非线性控制系统
　3．2　数据阵列PIDF的运动分析
　　3.2.1　PIDF运动分析的内容与意义
　　3.2.2　数据阵列咒。的运动方程
　　3.2.3　所有苊。数据阵列的运动区域
　　3.2.4　驱动因子的运动分析
　3.3　蛋白质的判定问题
　　3.3.1　训练集与检测集
　　3.3.2　判定方法与它的依据
　　3.3.3　蛋白质判定的计算结果与分析
　　3.3.4　若干问题的分析与讨论
第4章　预备知识
第5章　四原子与多原子空间结构的几何模型

第二部分　蛋白质的三维结构分析
第6章　氨基酸的一般性质与它的分子官能团
第7章　氨基酸中具有稳定空间结构基团的计算与分析
第八章　蛋白质主链的三角形拼接带
第9章　主链的中位点曲线分析
第10章　部分原子的空间结构分析
第11章　结构域与侧链的修饰

第三部分　蛋白质结构的动力学分析
第12章　有关分子动力学的基础知识
第13章　蛋白质三维结构中的动力学问题
第14章　蛋白质的分子动力学特征分析
第15章　对氢键、离子键与共价键的搜索、计算与讨论
参考文献
索引