植物分子标记原理与方法

目录
第一章 结论
一 遗传标记的类型及发展
二 分子生物学发展史上的里程碑——PCR
三 植物分子标记常用技术系统概述
第二章 RFLP技术
第一节 RFLP的产生和发展
第二节 RFLP的基本原理
一 DNA碱基顺序的自然变异
二 限制性内切酶
三 限制片段长度多态性的产生
四 Southern印迹转移及杂交
五 探针及其制备
六 RFLP的遗传标记
七 应用RFLP进行QTL分析与辅助育种
第三节 RFLP的方法与步骤
一 DNA的分离
二 酶切
三 琼脂糖凝胶电泳
四 Southern印迹转移（碱法）
五 DNA杂交及放射自显影
六 X线胶片上RFLP图谱的分析
七 非放射性探针的RFLP检测
八 溶液配制
第四节 RFLP技术的应用
一 遗传学图构建
二 基因定位
三 数量性状基因定位（QTL）分析
四 异源染色体（质）鉴定
五 遗传多态性分析
六 分类和进化研究
七 细胞质遗传研究
八 其他方面的应用
第三章 RAPD技术
第一节 RAPD的产生与发展概述
第二节 RAPD的基本原理和方法
一 RAPD的基本概念和原理
二 RAPD技术分析的几种方法和途径
三 RAPD产物分析中的一些问题
四 RAPD的优、缺点及弥补方法
第三节 RAPD反应的影响因子
一 Taq酶的影响
二 镁离子浓度的影响
三 扩增反应温度和时间的影响
四 循环周期的影响
五 引物的影响
六 dNTPs浓度的影响
七 DNA的影响
第四节 RAPD的基本实验程序
一 RAPD的基本实验步骤
二 RAPD实验可能遇到的问题、原因及对策
三 注意事项
第五节 RAPD数据的统计分析
一 多态位点比例和位点平均杂合度
二 基因相似系数（genotypessimilary）
三 Shannon多样性指数
四 遗传距离指数（genetic distance index）
五 Jaccard系数
第六节 RAPD技术的应用
一 品种、品系的指纹图谱的绘制
二 种质资源遗传多样性研究
三 遗传学图的构建
四 新遗传资源的鉴定
五 目标基因的定位与分离
六 其他方面的应用
第四章 AFLP技术
第一节 AFLP技术的产生和发展
第二节 AFLP的基本原理
一 AFLP的基本原理
二 AFLP的主要影响因素
三 AFLP技术的优、缺点
第三节 AFLP的实验操作
一 仪器设备（不包括DNA提取及纯化）
二 药品试剂（不包括DNA提取及纯化）
三 DNA提取及纯化
四 AFLP反应基本程序
五 电泳分离
六 银染程序
七 AFLP放射性同位素检测基本程序
八 AFLP荧光标记检测基本程序
九 AFLP实验要点
十 AFLP实验可能遇到的问题、原因及对策
第四节 AFLP的应用
一 构建指纹图谱，鉴定品种或种质
二 遗传多样性研究
三 遗传学图的构建
四 鉴别与目的基因紧密连锁的分子标记
五 辅助育种
六 研究基因表达与调控
附录 有关试剂的配制
第五章 SSR技术
第一节 SSR技术的产生与发展
第二节 SSR的基本原理
一 SSR的基本结构
二 SSR的频率
三 SSR标记引物的来源
四 SSR位点的电泳分离与检测
五 SSR位点的分析与数据处理
六 SSR标记的优、缺点
第三节 方法和步骤
一 DNA的提取
二 DNA的纯化
三 PCR反应及电泳分离
四 银染法检测
五 附录
第四节 SSR标记技术的应用
一 基因定位
二 多态性分析
三 追踪亲本遗传物质在杂交后代中的遗传动态
四 微卫星DNA作图
五 指纹图谱构建
六 数量性状基因位点（QTL）分析
七 种质资源的保存与利用
第六章 GISH和FISH技术
第一节 GISH和FISH技术的产生与发展
第二节 GISH和FISH技术的原理和影响因素
一 基本原理
二 GISH或FISH探针的制备
三 GISH或FISH的影响因素
第三节 GISH和FISH的操作方法
一 仪器用品
二 植物染色体标本的制备
三 基因组DNA的提取及探针标记
四 核酸的变性、杂交、冲洗及检测
五 原位杂交及检测的具体操作程序（非放射性标记探针的原位杂交及检测程序
六 原位杂交要点
七 植物染色体原位杂交易出现的问题及解决措施
第四节 GISH和FISH的应用
一 基因定位
二 染色体结构变异的分析
三 基因组的结构和进化的研究
四 基因组的空间分布
五 遗传转化材料的鉴定
附录 有关试剂的配制
一 染色体标本制备试剂
二 CTAB缓冲液的配制
三 探针标记的试剂
四 斑点杂交检测试剂
五 原位杂交及检测的试剂
第七章 mRNA差异显示技术
第一节 mRNA差异显示技术的产生与发展
第二节 mRNA差异显示技术的原理
一 基本原理
二 基本实验程序
三 mRNA差异显示技术的优、缺点
第三节 mRNA差异显示技术的方法与步骤
一 仪器设备
二 药品试剂
三 操作程序
四 要点和难点解答
第四节 mRNA差异显示技术的改进
一 植物组织高纯度RNA的制备
二 引物设计及PCR参数的优化
三 差异条带的分离与回收
四 Northern杂交及cDNA探针的克隆
五 全基因的完整筛选
六 mRNA差异显示技术与其他分子生物学技术的结合
第五节 mRNA差异显示技术的应用
一 分析基因表达的差异
二 寻找遗传标记
三 分离特异表达的基因
四 检查cDNA文库的质量
五 鉴定种属特异性
第八章 其他分子标记技术
第一节 抑制消减杂交法
一 抑制消减杂交法的原理
二 抑制消减杂交法的步骤
第二节 消减杂交法
一 消减杂交法的原理和步骤
二 cDNA文库的构建
第三节 代表性差异分析法
一 代表性差异分析法的原理
二 tester和driver DNA样品扩增子的制备
三 杂交和扩增
第四节 SSH、SH、RDA的应用及其优、缺点
一 SSH、SH、RDA的应用
二 SSH、SH和RDA的优、缺点