Genomics

第1章 基因组
1．1 遗传的分子基础
1．1．1 DNA的化学与生物学
1．1．2 RNA的化学与生物学
1．1．3蛋白质的结构与生物学
1．2 基因组序列复杂性
1．2．1 C值与C值悖理
1．2．2序列复杂性
1．2．3基因组的序列组成
1．3 基因与基因家族
1．3．1编码RNA基因
1．3．2编码蛋白质基因
1．3．3基因家族
1．3．4异常结构基因
1．3．5假基因
1．4 染色体
1．4．1真核生物染色体
1．4．2原核生物染色体
1．5 基因组
1．5．1人类基因组
1．5．2其他生物基因组
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参考文献

第2章 遗传图绘制
2．1 遗传图与物理图
2．2 遗传作图标记
2．2．1基因标记
2．2．2 DNA标记
2．3 遗传作图的方法
2．3．1孟德尔遗传学简介
2．3．2连锁分析
2．3．3不同模式生物的连锁分析
2．4 遗传图绘制
2．4．1人类遗传图
2．4．2水稻遗传图
复习思考题
参考文献

第3章 物理图绘制
3．1 限制性作图
3．1．1限制性作图的基本方法
3．1．2限制性作图的局限
3．2 基于克隆的基因组作图
3．2．1大分子DNA的克隆载体
3．2．2重叠群组建
3．2．3指纹作图
3．3 染色体细胞图
3．3．1同位素或荧光标记探针的原位杂交
3．3．2原位杂交
3．4 辐射杂种作图
3．4．1序列标签位点
3．4．2辐射杂种作图的程序与方法
3．5 基因组整合图
3．5．1人类基因组整合图
3．5．2水稻基因组整合图
复习思考题
参考文献

第4章 基因组测序与序列组装
4．1 DNA测序的方法
4．1．1链终止法
4．1．2化学降解法
4．1．3自动化测序
4．1．4非常规测序
4．2 基因组测序
4．2．1基因组测序的策略
4．2．2基因组测序的覆盖面
4．2．3序列间隙与物理间隙
4．2．4插入片段的两端测序
4．3 序列组装
4．3．1作图法测序与序列组装
4．3．2鸟枪法测序与序列组装
4．3．3不同测序路线与序列组装策略的比较
4．4 基因组测序的其他路线
4．4．1重要区域的优先测序
4．4．2 EST测序
4．4．3序列浏览
4．5 人类基因组测序与组装
4．5．1人类基因组的测序策略
4．5．2人类基因组测序的伦理学问题
4．5．3人类基因组测序计划相关的
重大事件
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参考文献

第5章 基因组序列注释
5．1 搜寻基因
5．1．1根据基因结构特征搜寻基因
5．1．2同源基因查询
5．1．3实验确认基因
5．1．4基因的命名与分类
5．2 基因功能预测
5．2．1计算机预测基因功能
5．2．2蛋白质结构域在功能预测中的意义
5．2．3根据协同进化注释基因功能
5．3 基因功能检测
5．3．1基因失活是基因功能分析的主要手段
5．3．2基因的过表达用于功能检测
5．4 高通量基因功能的研究方法
5．4．1突变体库构建
5．4．2 RNA干扰与基因功能检测
5．4．3蛋白质互作
5．5 功能基因组学
5．5．1组学简介
5．5．2转录物组
5．5．3蛋白质组
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参考文献

第6章 基因组解剖
6．1 原核生物基因组解剖
6．1．1原核生物基因组的物理结构
6．1．2原核生物基因组的遗传组成
6．2 真核生物基因组解剖
6．2．1真核生物核基因组
6．2．2真核生物细胞器基因组
6．3 转座因子与分散重复序列
6．3．1 DNA转座子
6．3．2逆转录因子与分散重复序列家族
6．3．3真核生物分散重复序列的比较
6．4 串联重复序列及其分布
6．5 人类基因组的结构与组成
6．5．1人类基因组编码基因
6．5．2人类基因组非编码基因
6．6 拟南芥基因组编码基因
6．6．1蛋白质编码基因
6．6．2 RNA编码基因
复习思考题
参考文献

第7章 基因的转录调控
7．1 原核生物基因的转录
7．1．1转录起始调控
7．1．2转录延伸与终止调控
7．2 真核生物基因的转录
7．2．1RNA聚合酶与转录因子
7．2．2真核生物Pol I基因的转录起始与终止
7．2．3真核生物：Pol II基因的转录起始与终止
7．2．4真核生物Pol III基因的转录起始与终止
7．2．5细胞器基因的转录
7．3 古细菌基因的表达调控
7．4 基因的转录调控
7．4．1转录调控的顺式元件
7．4．2转录调控的反式因子
7．4．3转录因子与调控序列的互作
7．4．4转录因子家族
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参考文献

第8章 RNA的修饰与加工
8．1 细胞中的RNA组分
8．1．1编码RNA
8．1．2非编码RNA
8．1．3前体RNA
8．2 mRNA的修饰与加工
8．2．1 mRNA的5’加帽
8．2．2 mRNA的3’端多聚腺苷酸化
8．2．3前体mRNA的剪接加工
8．3 非编码RNA的加工与修饰
8．3．1 rRNA前体和tRNA前体的剪切加工
8．3．2 rRNA和tRNA的化学修饰与加工
8．3．3 mRNA的编辑
8．3．4干扰RNA与转录后调控
8．4 细胞中mRNA的定位与降解
8．4．1细胞[}mRNA的分布与定位
8．4．2 mRNA的定位机制
8．4．3 mRNA的降解路线
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参考文献

第9章 蛋白质的合成与加工
9．1 蛋白质的合成
9．1．1 tRNA与氨酰化
9．1．2密码子与反密码子的互作
9．1．3蛋白质合成中核糖体的作用
9．2 蛋白质翻译调控
9．2．1翻译的起始
9．2．2翻译的整体调控
9．2．3翻译的专一性调控
9．3 蛋白质翻译后加工
9．3．1蛋白质的剪切加工
9．3．2蛋白质折叠
9．3．3化学修饰
9．4 蛋白质降解
9．4．1蛋白质降解标记——泛素化
9．4．2蛋白酶体
9．4．3蛋白质降解是调控细胞活性的
重要环节
复习思考题
参考文献

第10章 基因组表观遗传
10．1 什么是表观遗传
10．1．1表观遗传定义
10．1．2表观遗传现象
10．1．3表观遗传机制
10．2 位置效应与表观遗传
10．2．1座位控制区
10．2．2绝缘子
10．2．3副突变
10．3 DNA甲基化与表观遗传
10．3．1 DNA甲基化
10．3．2甲基化与基因调控
10．3．3 DNA甲基化与转座子沉默
10．3．4基因组印记
10．3．5甲基化组
10．4 染色质重建与表观遗传
10．4．1核小体与基因表达
10．4．2先入模型
10．4．3动态模型
10．4．4非编码RNA与染色质结构的
动态变化
复习思考题
参考文献

第11章 基因组的复制
11．1 DNA复制的问题
11．1．1 DNA复制的拓扑学
11．1．2 DNA的半保守复制
11．1．3 DNA拓扑酶及其功能
11．1．4 DNA复制的特点
11．2 原核生物基因组的复制
11．2．1原核生物DNA复制起始点
11．2．2复制的起始
11．2．3复制的延伸
11．2．4复制的终止
11．2．5古细菌基因组的复制
11．3 真核生物核基因组的复制
11．3．1酵母DNA复制起始点
11．3．2高等真核生物DNA复制起始点
11．3．3真核生物DNA复制叉上的事件
11．3．4端粒复制
11．4 细胞器基因组的复制
11．4．1线粒体基因组的复制
11．4．2叶绿体基因组的复制
11．5 基因组复制的调控
11．5．1基因组复制与细胞的分裂
11．5．2细胞S期的控制
复习思考题
参考文献

第12章 基因组进化的分子基础
12．1 突变
12．1．1突变的机制
12．1．2突变的效应
12．1．3超突变和程序性突变
12．1．4 DNA修复
12．1．5DNA单链的非对称性进化
12．2 重组
12．2．1同源重组
12．2．2位点专一性重组
12．2．3双链断裂重组模型
12．2．4染色体重排
12．3 转座
12．3．1 DNA转座
12．3．2逆转录转座
复习思考题
参考文献

第13章 基因组进化的模式
13．1 遗传系统的起源
13．1．1 RNA世界
13．1．2基因组的起源
13．1．3生命三界
13．2 新基因的产生
13．2．1基因与基因组加倍
13．2．2外显子洗牌与蛋白质创新
13．2．3 DNA水平转移
13．2．4重复基因的命运
13．3 非编码序列的扩张
13．3．1真核生物基因组非编码序列的组成
13．3．2转座子与基因组进化
13．3．3内含子的起源
13．4 比较基因组学
13．4．1基因组同线性
13．4．2基因岛和基因协同进化
13．4．3远缘物种中基因与调控序列的
保守性
复习思考题
参考文献

第14章 基因组与生物进化
14．1 分子系统发生学
14．1．1表征学和分支系统学
14．1．2分子系统发生学
14．1．3 DNA系统发生树
14．2 分子系统发生学与生物进化
14．2．1生命的起源
14．2．2人类的起源
14．2．3现代人的起源
14．3 基因组与生物多样性
14．3．1生物多样性的遗传基础
14．3．2生物多样性的分子机制
14．3．3基因调控的进化与生物多样性
复习思考题
参考文献
名词解释