Avian molecular evolution and systematics

　　张亚平序
　　前言
　　第1章 线粒体基因组的分子进化
　　 1.1引言
　　 1.2线粒体——远古的遗物
　　 1.3脊椎动物的线粒体基因组
　　 1.4鸟类线粒体基因组
　　 1.4.1鸟类线粒体中的基因顺序
　　 1.4.2鸟类线粒体基因组的其他特点
　　 1.5基因组作为遗传标记进行系统发育分析的主要特点
　　 1.5.1利用I)NA序列信息进行系统发育分析的两种方法
　　 1.5.2鸟类的姐妹分类单元：通过DNA序列和“基因组标记”的比较所获得的证据
　　 1.5.3其他信息标记
　　 1.6线粒体序列在线粒体和细胞核两基因组间的转移
　　 1.6.1线粒体DNA的核同源物
　　 1.6.2鸟类的Numt
　　 1.6.3 Numl：是鸟类系统发育研究的一个挑战
　　 1.6.4 Numt提供的机会
　　第2章 作为遗传标记的微卫星DNA
　　 2.1引言
　　 2.2技术概述
　　 2.2.1建立大小可选的质粒基因组文库
　　 2.2.2基因文库富集技术
　　 2.2.3筛选微卫星克隆
　　 2.2.4基因型
　　 2.2.5微卫星DNA的突变
　　 2.3应用范围
　　 2.3.1基因之间
　　 2.3.2个体之间
　　 2.3.3种群之间
　　 2.3.4物种之间
　　 2.3.5属和更高分类单元之间
　　 2.3.6时间范围
　　 2.4数据分析时应注意的事项
　　 2.5例证
　　 2.5.1雄性长尾娇鸫间的伙伴关系
　　 2.5.2灰海豹
　　 2.5.3家羊和加拿大盘羊(大角羊)
　　 2.6结论
　　第3章 线粒体调控区序列的应用
　　 3.1引言
　　 3.2序列组成和进化
　　 3.2.1调控区序列结构特点
　　 3.2.2序列进化
　　 3.3种群结构特点
　　 3.3.1黑腹滨鹬的系统发育地理分布
　　 3.3.2瓶颈效应及红腹滨鹬的种群扩张
　　 3.3.3大西洋岛屿的苍头燕雀的移居路线
　　 3.3.4加拿大雁的种内变异
　　 3.3.5灰冠弯嘴鹛的系统地理分布
　　 3.3.6阿德利企鹅和雪雁的谱系杂合
　　 3.4在高阶元的分类
　　第4章 线粒体Cyt 6基因在系统发育中的应用
　　 4.1引言
　　 4.1.1从线粒体DNA推断鸟类的系统发育
　　 4.1.2研究目的
　　 4.1.3重建系统发育的DNA序列的特性
　　 4.2材料和方法
　　 4.3结果
　　 4.3.1序列
　　 4.3.2系统发育分析
　　 4.3.3碱基组成
　　 4.3.4序列比较
　　 4.3.5转换和颠换的关系
　　 4.3.6分类的分歧和颠换饱和之间的关系
　　 4.3.7分类的分歧和氨基酸替换的关系
　　 4.3.8实验研究需要的序列
　　 4.4讨论
　　 4.4.1在鸟类系统发育中的应用
　　 4.4.2分子钟
　　 4.4.3结论
　　第5章 鸟类线粒体tRNA基因序列及二级结构比较研究
　　 5.1引言
　　 5.2雀科鸟类线粒体tRNA基因序列及二级结构比较研究
　　 5.2.1材料和方法
　　 5.2.2结果
　　 5.2.3讨论
　　 5.3猛禽类鸟类线粒体tRNA基因序列及二级结构比较研究
　　 5.3.1材料与方法
　　 5.3.2结果
　　 5.3.3讨论
　　第6章 平胸鸟类的系统发育
　　 b·l 引言
　　 6.2材料和方法
　　 6.2.1分类单元
　　 6.2.2系统发育分析
　　 6.3结果
　　 6.3.1形态学分析
　　 6.3.2序列分析
　　 6.3.3从整体数据得到的结论
　　 6.4讨论
　　 6.5结论
　　第7章 鹈形目鸟类的系统发育
　　 7.1引言
　　 7.1.1缺乏特征的鹈形目鸟类的问题
　　 7.1.2鲸头鹳之谜
　　 7.2方法
　　 7.2.1数据及分析
　　 7-2.2实验方法
　　 7.3结果
　　 7.3.1分子证据
　　 7.3.2形态学和行为学证据
　　 7.4讨论
　　第8章 鹤形目鸟类12S rDNA的系统发育和进化
　　 8.1引言
　　 8.1.1研究的物种
　　 8.1.2 12s rDNA的遗传标记
　　 8.2方法
　　 8.2.1 DNA序列数据
　　 8.2.2系统发育重建
　　 8.3系统发育的推断
　　 8.3.1结论
　　 8.3.2讨论
　　 8.4分子进化
　　 8.4.1序列分化
　　 8.4.2 12S rDNA进化动力学
　　 8.4.3 12s rDNA的特征进化
　　 8.5 12S rDNA进化对系统发育推断的提示
　　 8.6总结i
　　第9章 鹆形目鸟类线粒体分子进化及系统发育研究
　　 9.1引言
　　 9.2鹆形目鸟类线粒体Cyt 6基因和ND6基因分子进化及其系统发育研究
　　 9.2.1材料和方法
　　 9.2.2鹆形目鸟类线粒体I)NA序列差异
　　 9.2.3讨论
　　 9.3鹆形目鸟类线粒体调控区序列差异及其系统进化的研究
　　 9.3.1材料与方法
　　 9.3.2结果
　　 9.3.3讨论
　　 9.4结论
　　第10章 鹗形目鸟类线粒体序列测定与比较研究
　　 10.1鹗形目两种鸟类线粒体全基因组序列测定与比较研究
　　 10.1.1鸟类线粒体基因组研究回顾
　　 10.1.2材料和方法
　　 10.1.3结果
　　 10.1.4猛禽类基因组比较
　　 10.1.5讨论
　　 10.2鹗形目四种鸟类线粒体调控区的序列测定与比较研究
　　 10.2.1材料和方法
　　 10.2.2结果
　　 10.2.3猛禽类线粒体调控区比较
　　 10.2.4讨论
　　第ll章 雀形目鸟类分子进化的研究
　　 11.1雀形目鸟类线粒体DNA分子进化的研究
　　 11.1.1鸟类线粒体结构
　　 11.1.2雀形目鸟类线粒体分子进化研究概况
　　 11.2雀形目鸟类基因组DNA分子进化的研究
　　 11.3展望
　　第12章 鸟类各目间与目内的系统发育关系
　　 12.1引言
　　 12.2方法
　　 12.2.1研究的特征和类群
　　 12.2.2系统发育分析
　　 12.3结果与讨论
　　 12.3.1雁形目(Anseriformes)和鸡形目(()alli／ormes)的系统发育位置
　　 12.3.2今颚总目各目间的关系
　　 12.3.3三趾鹑科、麝雉科、红鹳科的位置
　　 12.3.4雀形目内部的关系
　　 12.3.5雁形目和鸡形目的关系
　　 12.3.6隼形目和■形目的关系
　　 12.4结论
　　第13章 鸟类线粒体假基因
　　 13.1引言
　　 13.2线粒体假基因是如何产生的
　　 13.3 NUlTIt序列的特点
　　 13.4 Numt序列给mtDNA应用带来的负面影响
　　 13.4.1人类线粒体病理学方面
　　 13.4.2法医物证鉴定方面
　　 13.4.3.Numt序列对以mtDNA为基础的脊椎动物系统发育分析的影响
　　 13.5 Numt序列的避免
　　 13.6如何识别Numt序列
　　 13.7 Numt序列的研究前景与展望
　　 13.7.1 Numt序列是细胞核内外两套遗传物质研究的桥梁
　　 13.7.2 Numt序列为物种系统发育学研究提供了新方法
　　 13.8关于鹆形目和鸡形目鸟类假基因的研究
　　 13.8.1■形目鸟类线粒体ATP8／6基因及其Numt的研究结果
　　 13.8.2鸡形目鸟类线粒体ATP8／6基因及其Numt的研究结果
　　 13.8.3 NIJmt的特点和适用性
　　第14章 鸟类分子进化的研究方法和研究材料
　　 14.1引言
　　 14.1.1分子进化产生的基础
　　 14.1.2进化机制
　　 14.1.3研究分子进化的意义
　　 14.2研究分子进化的常用方法
　　 14.2.1DNA-DNA杂交法
　　 14.2.2核DNA标记法
　　 14.2.3聚合酶链反应(PcR)技术
　　 14.2.4DNA指纹技术
　　 14.2.5 rDNA分析方法
　　 14.2.6核酸序列分析方法
　　 14.2.7蛋白质分析方法
　　 14.2.8免疫学方法
　　 14.3鸟类分子进化的研究材料?
　　 14.3.1以线粒体为研究材料
　　 14.3.2以总DNA为研究材料
　　 14.3.3以染色体为研究材料
　　 14.4展望
　　第15章 鸟类线粒体DNA限制性片段长度多态性研究
　　 15.1引言
　　 15.2方法
　　 15.3结果
　　 15.3.1鹗形目鸟类的研究
　　 15.3.2隼形目鸟类的研究
　　 15.3.3雀形目鸟类的研究
　　 15.4讨论
　　 15.4.1线粒体基因组的大小
　　 15.4.2 mtDNA种间变异和种内多态的遗传基础
　　 15.4.3鸟类mtDNA的进化速率
　　 15.5 RFLP在鸟类分子进化中的应用
　　 15.6对鸟类RFLP研究工作的展望
　　第16章 鸟类分子进化研究相关的Internet资源
　　 16.1引言
　　 16.2 NCBI的鸟类资源
　　 16.2.1 GenBank中鸟类资源收录情况
　　 16.2.2鸟类基因组研究常用数据库整理
　　 16.3鸟类的模式生物及其资源
　　 16.4鸟类的其他数据库资源
　　 16.5其他基因组研究常用数据库
　　 16.6总结
　　第17章 分子进化研究常用的生物信息学技术
　　 17.1引言
　　 17.2数据挖掘与整理
　　 17.2.1生物信息数据库查询
　　 17.2.2相似性搜索
　　 17.3常用分析软件
　　 17.3.1实验阶段常用软件
　　 17.3.2进化树相关的软件
　　 17.3.3其他常用软件
　　 17.4小结
　　主要参考文献