1．小绿人 穆德与史卡利分开之后，被派去执行监听工作，史卡利则回到学院继续教书。穆德变的更孤僻了，一天到晚想着有人在监视他的行动，他故意把史卡利当陌生人，免得她受到牵连。史卡利看不过去，他告诉穆德无论如何，她知道他的努力，她希望他能振作起来。回想起萨曼珊被绑架的过程，这几乎是穆德永无止境的恶梦。 2．恐惧症 邮局员工艾德，非常怕血，他不幸被邮局开除，开始在电子显示屏上看到杀光他们的字眼。同时，在镇上，半年来疯狂杀人再自杀的事件已经发生了七起，死了二十二个人，穆德发现现场有破坏的电子显示屏，且在尸体的指甲中留有奇怪的物质。史卡利帮穆德检查尸体，同时与穆德保持连络。穆德觉得七个人同时患有恐惧症是不可思议的事，可能与外力有关。 3．无眠 纽约市，古里森医生打电话报警失火，消防员赶到现场，却没有任何火灾的迹象，古里森医生被发现死在家中，他的身体使人相信他是被烧死的。穆德得到不知名人士的线索，古里森是治疗睡眠失调的权威。他要求史基纳让他调查：为什么没有火灾古里森却会报警，史基纳答应考虑。这时来了一名新探员克莱区克，他告诉穆德，古里森是他的案子，上面虽然批准了穆德调查，但克莱区克要求一起调查。 4．第四类接触(上) 穆德被要求参加一项援救人质的谈判，对方是一名有攻击能力的精神病患杜恩·拜瑞。他相信外星人又要来带走他了．他不愿被外星人带走，于是他绑架了医生，躲在一家旅行社中，极端暴力，有杀人的危险。穆德因为有外星人方面的知识．所以桩找来参加谈判，但是主事的盖兹汀探员，并不相信外星人这种事，穆德觉得不过是照着念稿，何必要找他来呢?另一方面穆德却真的相信杜恩·拜瑞的说法。没想到才一开始谈判，穆德就发现杜恩·拜瑞是个前调查局探员，他对他们的行动知之甚详。 5．第四类接触(下) 穆德听到留言，已经来不及救史卡利，她被杜恩·拜瑞强行带走。这时：穆德见到史卡利太太，他安慰她，誓言找回史卡利．从此穆德开始惩罚性的不睡觉，一心找到史卡利，穆德认为有人在故意让史卡利被抓走，史基纳则希望他不要深陷其中。杜恩开车在路上遭到警察拦截，他情急之下杀7警察，这一切都被警车上的摄影机拍了下来，穆德在录像带上发现史卡利没死，而他们的路是往天山方向．穆德与克莱区克追了过去。 6．起死回生 穆德接到电话，得知史卡利进了医院，没有人知道她打哪里来，现在她昏迷不醒。医生不知道是什么原因，史卡利一直在昏迷中，干是建议史卡利太太，根据史卡利在调查局所立的遗嘱，同意拿掉所有的仪器．让她自然死亡。史卡利的姐姐梅丽莎来看史卡利．她喜欢研究员魂之类的东西，她知道史卡利在犹豫着要不要活下来。穆德因为气愤，一心只想报仇，他求助x，但X没有理他。 7. 蹈火者 火山研究队伍求救，中心利用遥控机器人[蹈火者]发现有人死在火山口里。旁边有其它的阴影移动。由于火山研究的经费庞大，为避免意外传出去会有经费上的影响，计划主持人之一皮尔斯请求非正式管道的x档案帮忙，史卡利重新归队工作，穆德希望她不要太辛苦，但史卡利坚持投入工作。他们三人坐直升机抵达现场，穆德与史卡利发现研究设施被破坏的非常严重，穆德在检查时，遭到一名成员路威格的攻击。他说他以为是计划主持人崔科斯。 8．红色博物馆 葛林镇忽然有高中生被绑架，后来又被释回，他们不记得任何事情，只感到害怕。背后都被写上了[他是一个]的字句。当地警长指出．有一个奇怪的教会组织[红色博物馆]在其中做怪，主持人奥丁，在这里买了农场，却不吃肉而吃素，稼德认为他们是相信灵魂转移的信徒，可以以灵魂去影响别人。穆德与史卡利拜访其中一名受害者盖瑞。他感到有动物的灵魂进入，其它都不记得．史卡利四处查看，觉到有人在注视他们。 9．剃刀杀人狂 镇上忽然发生疯狂的杀人事件，同一时间女譬官BJ·玛洛与上司提尔曼有染，怀有身孕，她在幽会的汽车旅馆里，忽然感到不适，跑到荒野中，挖出了一具尸体。这具尸体被证实为失踪多年的调查员钱尼。当时他正在追查一件1942年的连续杀人案件，玛洛因为不想让人家知道外遇的事，说了谎，但史卡利以女人的直觉还是猜到这是怎么回事。1942年，死了三名女子，都是被人用剃刀杀死，并在胸口刻字。玛洛对于钱尼的事特别好奇，好象一切似曾相似。 10. 无法抗拒 一名男子道尼·费斯特，对女性的头发与指甲有着不寻常的恋物癣，他喜欢在殡仪馆里愉死人的头发或者是去盗墓．由子坟墓被挖，当地调查员找穆德与史卡利帮忙，穆德很清楚这不是灵异事件，而是人为，史卡利则显然被人心的晨暗面给吓坏了，但为了不让穆德担心，她努力地维持自己的情绪，穆德则乘机拉史卡利去看球赛。费斯特找了个新工作送货，并随时寻找他的目标。 11. 新鲜人骨 士兵麦亚平最近经常做恶梦，甚至见到早餐碗里都蛆，他惊吓之余．开车撞上了树，当场死亡，树上留着奇怪的符号。这是同一基地第二起自杀案件，但那不完全是一个基地，他们是在北卡罗来那州的海地难民处理中心，一个月前那里发生暴动，造成一名十岁男童死亡，军方对这些事情保持沉默，麦亚平太太则请求调查局帮助。由于海地人多信奉巫毒教，他们能让人起死回生，树上的符号令人联想到巫毒教的咒语。 12. 殖民地球（上） 穆德被送进急诊室，生命垂危，史卡利赶来看他，并要求医生不要替他做一般冻疮治疗，冰冷是他唯一活下去的希望。现在回溯事情的发生．两星期前在北极，一架类似飞碟的的飞行器坠落海中．同时，有一些妇产科医师死亡，这些资料被不知名人士以电子邮件送给穆德，他们不但长的一样．而且之前都没有任何记录，穆德与史卡利前往调查，发现有人在报纸上刊登广告找寻长的一样的人。 13. 殖民地球（下） 在阿拉斯加，一艘潜艇出事，卡在冰层下。史卡利失踪，穆德很担心，萨曼珊说外星人觉得地球人不配在地球上生存，所以打算殖民，他们在地球各地做无性繁殖的实验，但因为有些实验并没有被批准，所以外星人派出赏金猎人阻止计划进行。赏金猎人抓到了史卡利，要求穆德拿萨曼珊在桥上交换。 14. 可怕的对称 一只隐形的动物跑过街道，造成了许多破坏，还撞死了一个人，最后这只隐形动物现身了，穆德 与史卡利前来调查，街上就像一只大象跑过，大象歌妮莎，原应关在菲尔田动物园，但动物园完全没 有任何破坏，也不知道大象是如何跑出去的。他们拜访动物园的负责人安伯罗斯，她因为动物园经费 不够，正在伤脑筋，因此不太合作，动物圃环境狭小，管理员米奇姆用的是旧式管理，她被派来改瞽，但成绩并不太好。 15. 幽灵船 穆德请史卡利检查一位哈波中尉，他只有二十八岁，但看起来却像八十岁的老公公，史卡利承认这一切很奇怪，她不明白原因。穆德说，在挪威外海有个地点，很多船都在那里失踪，穆德认为那里时间会扭曲，军舰亚顿号遇到了虫洞，使得时间加速，很可能军方在进行实验，他将前往调查，史卡利决定要跟去。他们到了挪威，当地人都视之为不祥之处，只有一名美国人川汉姆愿意送他们去。 16. 斑身人 吉布森镇是个奇怪的地方．这里住了许多退休的马戏团成员，他们大多长相古怪．其中有一个叫做鳄鱼人，被一种东西攻击而死。史卡利看着鳄鱼人的照片，真没想到有人会这样奇特的过一生，他们来到吉布森镇．参加鳄鱼人的葬礼，当场就状况百出。 17. 埃玛思库拉 一个不知名的包裹被送到监狱里给囚犯陶伦斯，里面是一只带血的猪脚．陶伦斯后来感染了一种不知名的怪病．身上长出脓疱，死的非常快-另二名犯人保罗与史蒂夫，则利用收拾陶伦斯住处的空档，逃了出去。穆德与史卡利被叫来协助追捕犯人，这不是他们平时的工作。 18. 柔光 史卡利的学生凯莉·莱恩．刚当上里奇蒙当地刑膏，她遇到一个失踪案件，几个人无故失踪．因为没有头绪，她暗中请史卡利帮忙。现场没有破坏．房门反锁，门口留有燃烧的痕迹。穆德请莱思瞥官去采指纹，他初步研判这是自发性的人体燃烧。 19. 外星档案 乔治·柯恩斯检举鸡工厂不卫生．结果他失踪了．史卡利与穆德前去调查。工厂一切运作正常，主管杰西豪反映，有问题的只有柯恩斯而已。正在他们要离开时，一名员工宝拉发疯地夹持杰西．结果被陪同的臀长开枪打死．宝拉已经生病一段日子了，柯恩斯也有相同的病情．她的祖父伽可先生正是这家工厂的老板。