简介
《R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用》是国内第一本系统介绍R语言及Bioconductor软件包的图书。R是一种计算机程序设计语言，也是一个开放式的软件开发平台。R具有强大的数学统计分析和科学数据可视化功能，提供各种数据处理、统计分析及图形显示工具。软件研究人员可以在R这个开放平台上不断扩充R的功能，开发出面向特定应用的软件。Bioconductor就是一个基于R的、面向基因组信息分析的应用软件集合。Bioconductor的应用功能主要是以包的集成形式呈现在用户面前，它提供的软件包中包括各种基因组数据分析和注释工具，其中大多数工具是针对基因芯片或DNA微阵列数据的处理、分析、注释及可视化。同时，Bioconductor还提供许多与DNA微阵列相关的数据包。《R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用》分为上下两篇，分别介绍R和Bioconductor软件包，介绍Bioconductor在基因组分析中应用。
目录
目录
前言
上篇 R语言
第1章 R语言简介
1.1 平台
1.2 R语言的发展简史
1.3 R语言和统计学
1.4 运行R语言的环境及安装
1.5 交互式使用R语言
第2章 R语言的基本数据结构
2.1 向量的赋值
2.2 向量的基本运算
2.3 构造向量
2.4 逻辑向量
2.5 字符向量
2.6 复数向量
2.7 获取向量子集和修正向量子集
2.8 常量
第3章 R语言对象
3.1 对象的基本属性
3.2 改变对象的长度
3.3 获取对象的属性
3.4 获取对象类
第4章 分组因子
4.1 分组因子
4.2 聚集计算
4.3 排序
第5章 数组和矩阵
5.1 定义数组
5.2 数组子集操
5.3 构造数组
5.4 数组计算
5.5 矩阵
5.6 数组矩阵合并
5.7 定义数组的操作
第6章 数据列表和数据单
6.1 数据列表
6.2 构造数据列表
6.3 数据列表操作
6.4 数据单
第7章 导入导出数据
7.1 高级函数
7.2 低级函数
7.3 命令台输入输出以及格式化
7.4 使用R语言内含的数据集
第8章 组合表达式和控制语句
8.1 组合表达式
8.2 控制语句
第9章 函数
9.1 排序的例子
9.2 定义新的操作符
9.3 参数名和参数缺省定义
9.4 ‘...’形式的参数(虚参)
9.5 函数和变量的作用范围
9.6 类、通用函数和面向对象
9.7 调试
9.8 操作符号的优先级
第10章 包
10.1 标准包
10.2 扩展包和CRAN
10.3 包命名空间
10.4 R语言中常用的包
第11章 R语言中的统计
11.1 R语言中的概率分布
11.2 从离散数据集分析概率分布特性
11.3 回归分析
第12章 图形函数
12.1 高级图形命令
12.2 低级图形函数
12.3 与图形进行交互
12.4 利用图形参数
12.5 图形参数列表
12.6 设备驱动
12.7 动态图形
下篇 Bioconductor及其应用
第13章 Bioconductor与DNA微阵列数据处理
13.1 Bioconductor简介
13.2 DNA微阵列
13.3 微阵列数据处理与分析
13.4 Bioconductor开发背景
13.5 Bioconductor各种包的分类介绍
第14章 Bioconductor的使用
14.1 Bioconductor的获取和安装
14.2 Bioconductor快速入门
14.3 Bioconductor应用实例
第15章 数据库访问
15.1 Rdbi软件包
15.2 RdbiPgSQL软件包
15.3 SAGElyzer软件包
第16章 图形及用户接口
16.1 widgetTools包
16.2 tkWidgets包
16.3 geneplotter包
16.4 hexbin包
16.5 IimmaGUI包
16.6 affylmGUI包
16.7 webbioc包
第17章 图结构
17.1 graph包
17.2 RGBL包
17.3 Rgraphviz包
17.4 SNAData数据包
第18章 通用工具
18.1 reposTools包
18.2 Biobase包
18.3 Biostrings包
18.4 DynDoc包
18.5 Ruuid包
18.6 ctc包
18.7 convert包
18.8 Icens包
18.9 exprExternal和externalVector软件包
第19章 注释
19.1 annotate包
19.2 AnnBuilder包
19.3 Resourcer包
19.4 SNPtools包
19.5 Data packages包
第20章 基因本体学
20.1 goTools包
20.2 ontoTools包
20.3 GOstats包
第21章 微阵列数据预处理
21.1 affy包
21.2 affycomp包
21.3 affydata包
21.4 affypdnn包
21.5 affyPLM包
21.6 gcrma包
21.7 makecdfenv包
21.8 annaffy包
21.9 marray包
21.10 matchprobes包
21.11 vsn包
第22章 数据分析
22.1 daMA包
22.2 edd包
22.3 factDesign包
22.4 genefilter包
22.5 globaltest包
22.6 gpls包
22.7 multtest包
22.8 pamr包
22.9 MeasurementError.cor包
22.10 limma包
22.11 ROC包
22.12 siggenes包
22.13 splicegear包
22.14 RMAGEML包
第23章 微阵列比较基因组杂交
23.1 aCGH包
23.2 DNAcopy包
第24章 蛋白质组学
24.1 PROcess包
24.2 gpls包
24.3 apComplex包
主要参考文献
附录 R语言常用功能一览表
?u(B
前言
上篇 R语言
第1章 R语言简介
1.1 平台
1.2 R语言的发展简史
1.3 R语言和统计学
1.4 运行R语言的环境及安装
1.5 交互式使用R语言
第2章 R语言的基本数据结构
2.1 向量的赋值
2.2 向量的基本运算
2.3 构造向量
2.4 逻辑向量
2.5 字符向量
2.6 复数向量
2.7 获取向量子集和修正向量子集
2.8 常量
第3章 R语言对象
3.1 对象的基本属性
3.2 改变对象的长度
3.3 获取对象的属性
3.4 获取对象类
第4章 分组因子
4.1 分组因子
4.2 聚集计算
4.3 排序
第5章 数组和矩阵
5.1 定义数组
5.2 数组子集操
5.3 构造数组
5.4 数组计算
5.5 矩阵
5.6 数组矩阵合并
5.7 定义数组的操作
第6章 数据列表和数据单
6.1 数据列表
6.2 构造数据列表
6.3 数据列表操作
6.4 数据单
第7章 导入导出数据
7.1 高级函数
7.2 低级函数
7.3 命令台输入输出以及格式化
7.4 使用R语言内含的数据集
第8章 组合表达式和控制语句
8.1 组合表达式
8.2 控制语句
第9章 函数
9.1 排序的例子
9.2 定义新的操作符
9.3 参数名和参数缺省定义
9.4 ‘...’形式的参数(虚参)
9.5 函数和变量的作用范围
9.6 类、通用函数和面向对象
9.7 调试
9.8 操作符号的优先级
第10章 包
10.1 标准包
10.2 扩展包和CRAN
10.3 包命名空间
10.4 R语言中常用的包
第11章 R语言中的统计
11.1 R语言中的概率分布
11.2 从离散数据集分析概率分布特性
11.3 回归分析
第12章 图形函数
12.1 高级图形命令
12.2 低级图形函数
12.3 与图形进行交互
12.4 利用图形参数
12.5 图形参数列表
12.6 设备驱动
12.7 动态图形
下篇 Bioconductor及其应用
第13章 Bioconductor与DNA微阵列数据处理
13.1 Bioconductor简介
13.2 DNA微阵列
13.3 微阵列数据处理与分析
13.4 Bioconductor开发背景
13.5 Bioconductor各种包的分类介绍
第14章 Bioconductor的使用
14.1 Bioconductor的获取和安装
14.2 Bioconductor快速入门
14.3 Bioconductor应用实例
第15章 数据库访问
15.1 Rdbi软件包
15.2 RdbiPgSQL软件包
15.3 SAGElyzer软件包
第16章 图形及用户接口
16.1 widgetTools包
16.2 tkWidgets包
16.3 geneplotter包
16.4 hexbin包
16.5 IimmaGUI包
16.6 affylmGUI包
16.7 webbioc包
第17章 图结构
17.1 graph包
17.2 RGBL包
17.3 Rgraphviz包
17.4 SNAData数据包
第18章 通用工具
18.1 reposTools包
18.2 Biobase包
18.3 Biostrings包
18.4 DynDoc包
18.5 Ruuid包
18.6 ctc包
18.7 convert包
18.8 Icens包
18.9 exprExternal和externalVector软件包
第19章 注释
19.1 annotate包
19.2 AnnBuilder包
19.3 Resourcer包
19.4 SNPtools包
19.5 Data packages包
第20章 基因本体学
20.1 goTools包
20.2 ontoTools包
20.3 GOstats包
第21章 微阵列数据预处理
21.1 affy包
21.2 affycomp包
21.3 affydata包
21.4 affypdnn包
21.5 affyPLM包
21.6 gcrma包
21.7 makecdfenv包
21.8 annaffy包
21.9 marray包
21.10 matchprobes包
21.11 vsn包
第22章 数据分析
22.1 daMA包
22.2 edd包
22.3 factDesign包
22.4 genefilter包
22.5 globaltest包
22.6 gpls包
22.7 multtest包
22.8 pamr包
22.9 MeasurementError.cor包
22.10 limma包
22.11 ROC包
22.12 siggenes包
22.13 splicegear包
22.14 RMAGEML包
第23章 微阵列比较基因组杂交
23.1 aCGH包
23.2 DNAcopy包
第24章 蛋白质组学
24.1 PROcess包
24.2 gpls包
24.3 apComplex包
主要参考文献
附录 R语言常用功能一览表
?u(B
R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用
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- 大小
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