Bioinformatics

序

原版前言

缩略语

a 生物信息学概述

a1生物信息学的范围

a2生物信息学与互联网

a3有用的生物信息学www网站

b 数据采集

b1dna、rna和蛋白质测序

b2蛋白质结构的确定

b3基因和蛋白质表达数据

b4蛋白质互作数据

c 数据库——内容、结构和注释

c1文件格式

c2已注释的序列数据库

c3基因组和特定物种的数据库

c4其他数据库

d 生物数据检索

d1通过entrez和 dbget/linkdb的数据检索

d2使用srs（序列检索系统）的数据检索

.e 通过序列相似性标准搜索序列数据库

e1序列相似性搜索

e2氨基酸替代矩阵

e3数据库搜索：fasta和 blast

e4序列过滤程序

e5数据库的迭代搜索和psi-blast

f 多序列联配：基因和蛋白质家族

f1多序列联配和家族关系

f2蛋白质家族和模式数据库

f3蛋白质结构域家族

g 系统发育学

g1系统发育学、遗传分类学和存在论

g2构建系统发育树

g3大分子序列进化

h 序列注释

h1基因组注释原理

h2注释工具和资源

i 结构信息学

i1蛋白质结构的概念模型

i2蛋白质三维结构与蛋白质功能的关系

i3蛋白质结构和功能的进化

i4获取、观察和分析结构数据

i5结构联配

i6 已知三维结构的蛋白质分类：cath与scop

i7蛋白质结构预测简介

i8通过比较建模预测结构

i9二级结构预测

i10高级蛋白质结构预测与预测策略

j 微阵列数据分析

j1微阵列数据：分析方法

j2微阵列数据：工具和资源

j3序列采样和sage

k 蛋白质组数据分析

k1双向凝胶电泳数据分析

k2蛋白质质谱数据分析

l 高阶模型

l1分子途径的建模与重建

l2蛋白质互作生物信息学

l3高阶模型

m 生物学中的化学信息学

m1分子表示的规范

m2化学信息学资源

n 制药业中的生物信息学

n1生物信息学和药物发现

n2药物信息学资源

o 生物信息学计算的基本原理

o1运行计算机软件

o2计算机操作系统

o3软件下载和安装

o4数据库管理

进一步阅读文献

术语表