编著还有：顾若需、连鹏、张涛、王莹

作者：  魏冬青[等]编著

出版社：上海交通大学出版社,2012

简介：计算机辅助药物设计，通常也称作基于结构的药物设计，包括虚拟药物前体筛选、从头设计等等的合理设计路线，就是利用已知配体－受体作用的生物化学信息和对其的物理化学认识，在计算机辅助下研究和优化新配体（既假定中候选药物分子）。 例如，如果我们知道药物与目标分子结合部位的空间互补可以提高药物与受体的相互作用（亲和力），那么在药物设计中可以着重于研究如何提高范氏力的作用项；同理，如果电荷作用是主要的，那么就要注意药物分子中的极性官能团。分子计算机模拟在药物设计中起非常重要和关键的作用；高速和有效的分子模拟可以显著地加速新药开发。基于统计力学的分子模拟算法是实际地连接经典或量子分子模型与生物化学实验观察测量值的桥梁之一。统计热力学是根据势能面函数研究复杂体系行为的各种算法物理基础，是一种从简单（电子、原子）到复杂（生物体系）的方法，相反于系统生物信息学中的归纳总结方法。例如，用于研究生物分子（凝聚态）相变、预测候选分子与目标生物分子亲和力（结合自由能和溶剂化能）、筛选药物前体的ADME特性、分析药物小分子的构象空间与其性质、从头设计DNA剪切分子等。